Nach dem Hochfahren des VR3 können benutzerspezifisch Programme gestartet werden. Dazu wird die Datei ~/.wmx/.startup eingelesen. Diese Datei enthält pro Zeile einen Eintrag für ein zu startendes Programm. Kommentarzeilen werden mit einem Hash # eingeleitet.
/usr/bin/aps /usr/bin/keyboard --hide /usr/bin/quicksync --hide /usr/bin/irobexd /usr/bin/launchpad